栽培漁業は、国が行う沿岸漁業の振興対策の一環として、瀬戸内海をモデル海域に開始され、1962年（昭和37年度）から屋島事業場、伯方島事業場をはじめに6ヶ所の国営栽培漁業センターの施設整備が進められ、その翌年には、国の委託を受けて栽培漁業技術開発業務を実施する母体として（社）瀬戸内海栽培漁業協会が設立されました。同協会はクルマエビ、マダイ等を対象に技術開発を進めてきました。1979年（昭和54年度）には、これまでに開発した成果を受けて、栽培漁業の全国的な展開を図ることとなり、（社）瀬戸内海栽培漁業協会を発展的に改組し、（社）日本栽培漁業協会が発足しました。その後、全国に新たに10ヶ所の国営栽培漁業センターが増設され、合計16の栽培漁業センターで我が国の沿岸漁業の重要魚種約40種を対象に、全国的規模で栽培漁業を推進する体制が整いました。
　一方、2003年（平成15年度）には（社）日本栽培漁業協会は、特殊法人等改革の整理合理化計画を踏まえた効率的な事業実施の観点から、独立行政法人水産総合研究センターに統合され、基礎から応用・実証までの一貫した研究開発の体制となりました。

　水産総合研究センターは、2006年（平成18年度）から第２期の中期計画（平成18年〜22年度）に沿って業務を行っています。また、この期にさけ・ます資源管理センターと統合し、体制の一元化・機能強化を目的として、本部及び地方組織の体制整備を図りました。
　また、同一地域内に複数の施設・組織が存在し、かつ地元自治体や行政組織との関係について整理が必要とされていた３地域と、全国対応が必要で多くの施設・組織が関連する増養殖分野の見直しを図りました。その結果、先行的に厚岸栽培漁業センターを北海道区水産研究所へ、伯方島、百島の両栽培漁業センターを瀬戸内海区水産研究所へ、上浦、古満目栽培漁業センターを養殖研究所へ、八重山栽培漁業センターを西海区水産研究所へ統合し、事務、事業を効率的かつ効果的に進めることになりました。
　栽培漁業の実証に関しては、これまでどおり都道府県の関係機関等と連携して、栽培漁業技術の普及、定着を促進していきます。

・1963年（昭38)　社団法人　瀬戸内海栽培漁業協会設立
・1979年（昭54)　社団法人　日本栽培漁業協会に改組
・2003年（平15)　独立行政法人　水産総合研究センターへ統合
・2006年（平18） 厚岸、伯方島・百島、上浦・古満目、八重山の6栽培漁業センターが
　　　　　　　　　　北海道区水産研究所、瀬戸内海区水産研究所、養殖研究所、西海区水産研究所へ統合

　水産総合研究センターは平成18年４月に本部組織の見直し並びに水産研究所と栽培漁業センターの統合を図るなどの組織改変をいたしました。
　16ヶ所の栽培漁業センターのうち、水産研究所と統合した6つの栽培漁業センターは、「厚岸栽培技術開発センター」、「伯方島栽培技術開発センター」、「百島実験施設」、「上浦栽培技術開発センター」、「上浦栽培技術開発センター古満目分場」、「八重山栽培技術開発センター」と新たな施設名称に変わり、海区水産研究所の施設となりました。

　栽培漁業センターは、第二期の中期計画(平成18〜22年度)に沿って、「種苗の安定生産技術の開発と飼養技術の高度化」、「生態系機能の保全に配慮した種苗放流資源培養技術の開発」、「新規増養殖生産技術の開発」及び「主要水産資源の調査及び海洋環境等のモニタリング」（都道府県と連携した主要水産資源の放流等の調査）の研究開発を行います。
　これからも、確立された技術をいち早く公立水産試験場や栽培漁業センターへ積極的に移転・普及することを念頭に、幅広いニーズに対応していきます。